感染HPV可能會出現的症狀與感染後導致的疾病有關，常見的有扁平疣、尖銳濕疣、鮑溫病、宮頸癌、口腔癌，不同的疾病症狀不同。
1.扁平疣：感染HPV1.2、4、7等亞型後，可能會引起皮膚病變，出現扁平疣，一般皮膚表面略微隆起，疣體呈橢圓形和多邊形。可以在業醫生指導下服用泛昔洛韋片，更昔洛韋片等藥物治療。
2.尖銳濕疣：感染HPV6、11、16、18等亞型後，可能會在生殖器及肛門周圍皮膚黏膜濕潤區出現尖銳濕疣，起初為散在的淡紅色小丘疹，隨病情進展逐漸增多增大，表面可能會糜爛、滲液或出血。可遵醫囑使用鬼臼毒素軟膏、咪喹莫特乳膏等藥物治療。
3.鮑溫病：感染56、58、59等亞型，可能會引起鮑溫病，表現為邊界清楚的暗紅色斑片，可多發。治療目的是去除病變，防止其發展為鱗狀細胞癌。首選治療為手術切除，也可選擇非手術治療，包括光動力治療、藥物治療、冷凍、激光治療等。
4.宮頸癌：感染HPV16、18、31等亞型，可能會誘發宮頸癌，早期症狀不明顯，晚期出現陰道出血等症狀。需要在醫生的指導下進行手術治療，如宮頸錐切術、改良根治性子宮切除術等方式。
5.口腔癌：感染HPV13、32等亞型後可能會出現口腔灶性上皮增生，初起黏膜可有硬結，繼而表皮糜爛呈潰瘍，淺在而無壞死，典型症狀包括口腔潰瘍長時間不愈或反復感染，超過4周內仍未見好轉跡象。主要採用以手術根治性切除為主的綜合治療原則，包括放療、化療、免疫治療等。
