肛泰栓在醫生指導下正確使用一般沒有甚麼危害，但是由於體質原因，個別女性患者也會出現輕度腹瀉和腹部不適、惡心和嘔吐、黃疸、藥物熱、過敏反應等不適，出現這些症狀建議及時就醫，在醫生指導下更改或停用藥物。
1. 輕度腹瀉和腹部不適：肛泰栓的部分成分可能對腸道有輕微刺激作用，導致部分患者在用藥後出現腹部不適感，如腹脹、隱痛，或者出現輕度腹瀉，表現為大便次數增多、稀便等症狀。
2.惡心和嘔吐：雖然肛泰栓是局部用藥，但部分藥物成分可能通過腸道吸收進入血液循環，對胃腸道產生一定影響，導致部分患者出現惡心、嘔吐等消化道反應。
3.黃疸：肛泰栓中含有鹽酸小檗鹼、鹽酸罌粟鹼等藥物成分，這些需要通過肝臟、腎臟分解代謝，如果長期使用，可能會增加肝腎負擔，從而損傷肝腎功能，若患者本身存在肝臟基礎疾病，使用後可能出現黃疸的幾率會增加。一旦出現此種症狀，應立即就醫，進行肝功能檢查，再決定是否需要停藥。
4.藥物熱：部分患者在使用肛泰栓後可能出現體溫升高，即所謂的藥物熱。這可能是機體對藥物成分的一種免疫反應，也可能是藥物直接或間接影響體溫調節機制的結果。若體溫持續升高，應及時就醫。
5.過敏反應：肛泰栓屬於中成藥，相對來說還是比較安全有效的，但是由於個體差異性，部分人群使用後可能對其中成分過敏，出現肛門瘙癢、紅腫、灼熱感等，一般停藥可改善。
女性在使用肛泰栓時需要注意，盡可能避免過度使用，注意用藥劑量和時間，避免依賴和濫用，同時也需要注意藥物的副作用和風險，如出現不適症狀，應及時停藥並就醫。
