金匱腎氣丸通常無副作用，但使用不當可能會引起一些不良反應，例如皮膚過敏、胃腸不適、心律失常等。
1.皮膚過敏：少部分患者使用金匱腎氣丸後，可能會因為自身對藥物成分過敏的原因造成皮膚過敏，表現為皮膚瘙癢、發紅、起皮疹等，還有可能會引起蕁麻疹，導致皮膚巨癢難受，起紅色腫塊等。
2.胃腸不適：如果不注意用藥方式或擅自加大劑量，可能會因為服用金匱腎氣丸而刺激到胃腸黏膜，從而引起胃腸不適，有惡心、想吐、腹瀉、腹痛等症狀，一般停止使用後會自行緩解。
3.心律失常：按照正常的要求服用金匱腎氣丸，很少會影響心率，但少部分患者用藥，未嚴格按照醫生要求進行或擅自加大劑量，可能會因此影響到心率，導致心率減慢，時常會有心慌、氣短、胸悶等症狀。
除此之外，也有可能會因為長期使用金匱腎氣丸而導致陽痿或早洩加重，所以用藥一定要小心謹慎，同時也要注意相關事項，如不良反應較為嚴重，需及時停用。
