CT和核磁共振是可以檢查出患者是否患有腦膿腫的。臨床上對於懷疑腦膿腫的病人，首選的初步檢查便是核磁共振，借此於檢測膿腫的腫塊效應。相比之下，CT的檢測結果的準確度可能不如核磁共振，因為在腦膿腫發展的最初階段，CT掃描的大腦可能是陰性的。
CT全稱計算機體層攝影術，可顯示人體內各組織器官的斷層掃描圖，通過對患者大腦多個斷層圖像的綜合分析，能夠有效的檢查出急性腦血管意外、顱腦外傷、顱內感染性或佔位性病變等病變的病變大小、位置、深度等指標。相較於CT，核磁共振(MRI)的圖像層次更豐富，能獲得水平面、縱切的矢狀、冠狀三維圖像，分辨率高且不存在x線輻射，常用於CT無法發現異常的情況下作為補充檢查手段。
腦膿腫是一種由化膿性細菌感染而因其的嚴重的顱內感染性疾病，當懷疑患者患有腦膿腫時，可以借由CT和核磁共振來進行確診，但是因不同患者的腦膿腫形成的時間、發展的階段各有不同，所以檢查成像也會有所不同，在包膜形成前表現為邊界不清、不規則，有明顯的佔位效應。在包膜形成以後，增強掃描可見邊界清楚的薄壁環狀強化，膿腫壁多無內突的結節影。
