真菌性咽喉炎具有自愈性，通常在7-10天可以自愈。真菌性咽喉炎屬真菌感染，真菌不消滅容易反復發作，最後會變成慢性咽炎。
真菌性咽炎與細菌性咽炎症狀一樣，都是病菌感染或環境變化，引起咽部黏膜、黏膜下層或淋巴組織出現急性炎症性疾病。真菌性咽炎採取抗生素治療時，可選擇真菌抗炎類消炎藥，如氟康唑膠囊、蒲地藍消炎片等。
慢性咽炎由急性咽炎演變而成，慢性咽炎的病程較長且病因較複雜，需要經過干預治療才可減輕症狀，自愈的可能性較小，症狀多為咽喉乾燥、疼痛、吞咽困難等現象。日常飲食清淡，大量增加飲水量，可在經過醫生診斷後口服抗生素，比如阿莫西林克拉維酸鉀片、阿奇霉素片等藥物。
真菌性咽炎除了以上述原因之外，也可能是身體抵抗力下降、咽喉使用過度等因素造成。出現症狀後，建議盡快到醫院檢查，找出病因。
