進行脊髓穿刺時如果操作不當會有後遺症危險。
在脊髓穿刺的過程中如果操作不當造成骨髓損傷，就可能導致脊柱周圍劇烈疼痛、麻木，以及不同程度的癱瘓。如果損傷程度過於嚴重，甚至會出現心跳、呼吸驟停等後遺症。如果在脊髓穿刺的過程中造成出血、感染等情況，還可能會引起癲癇、持續性昏迷等症狀。不過脊髓穿刺只要在正規醫院安全合理的進行，是可以將脊髓穿刺的風險降低的。骨髓穿刺是為了判斷機體是否存在化膿性腦膜炎、白血病、腫瘤、風濕等疾病，如果有這類疾病可及時進行救治。
脊髓穿刺前如果有顱內佔位、顱壓過高，以及處於休克或瀕危的狀態是不可以進行，有脊髓壓迫症、高位脊髓病等情況同樣不可進行。在進行脊髓穿刺後需要休息一天，限制肢體活動，如果出現全身發熱的情況，需及時就醫，以免耽誤病情。
