骨性深覆合可通過口腔護理、正畸治療、手術治療三種方法進行處理。
1.口腔護理
骨性深覆合發生後需注意口腔內部的衛生，堅持早晚刷牙、飯後漱口的良好習慣，避免吸煙或是飲酒，否則會滋生細菌，不利於口腔健康的恢復。
2.正畸治療
結合骨性深覆合患者的病情展開正畸治療，但在矯治時需結合前後牙以及牙槽的具體情況，再升高後牙以及牙槽的高度，從而打開咬合，能有效糾正前牙軸傾斜，有助於牙齒健康的恢復。
3.手術治療
如骨性深覆合患者的病情較為嚴重，可咨詢醫生展開前牙區根尖截骨術治療，首先要正畸治療矯正上下頜切牙的長軸，從而排齊上下頜牙列，之後再正頜手術上頜以及下頜多段的截骨移位，最後重新排列上頜骨以及下頜骨，達到令人滿意的治療效果。
由於矯治器與牙齒間容易殘留有食物殘渣，容易引發一系列口腔問題，因此在治療期間要注意個人衛生，必要時使用衝牙器、牙線以及牙間刷等工具進行處理。
