孩子眨眼睛搖頭一般可以掛眼科、神經科、精神心理科等科室，並且應根據具體的檢查結果進行治療。
1.眼科：兒童眨眼睛搖頭，首先考慮是患有眼部疾病，比如近視、遠視、青光眼、白內障等，此類眼部疾病就會導致視力出現不同程度的下降，從而會導致眼睛不自主的頻繁眨眼，如果患有青光眼後也會導致眼壓增高引起反射性的頭痛，所以會引起孩子眨眼睛搖頭，此時應去醫院眼科進行就診。在眼科可在醫生指導下通過視力檢查、眼瞼檢查等檢查方法進行確診。
2.神經科：孩子眨眼睛搖頭也應掛神經科，在神經科可以通過腦部CT檢查、頭顱核磁共振等方法進行檢查，通過一系列的檢查後，可判斷是否患有神經疾病，比如小兒抽動症、面神經炎等疾病，患有此類神經疾病後會導致植物神經出現紊亂，所以會表現為孩子眨眼睛搖頭。
3.精神心理科：孩子眨眼睛搖頭也應去醫院精神心理科進行就診，檢查判斷是否患有精神心理疾病，比如抑鬱症、自閉症等，此類疾病會導致孩子出現精神障礙，也會表現為情緒低落，興趣減退，隨之會出現行為古怪引起眨眼睛搖頭。
孩子眨眼睛搖頭除掛以上科室外也可以去醫院掛耳鼻喉科。一般患病後早診斷、早治療可盡早的控制病情，改善不適症狀。
