上頜竇根治術和上頜竇開窗術在適應症、禁忌症和手術方式上有所差別。
1.適應症：上頜竇根治術適用於慢性上頜竇炎、上頜竇囊腫、上頜竇外傷以及上頜竇壁骨折塌陷等症狀；上頜竇開窗術可以治療亞急性或反復發作性上頜竇炎、輕度慢性上頜竇炎、慢性上頜竇炎以及兒童上頜竇炎等。
2.禁忌症：急性上頜竇炎、急性上呼吸道感染等需要等炎症消退後進行手術，幼兒上頜竇腔發育不全者、高血液、血液疾病以及心肺功能不全者禁止使用上頜竇根治術。對於慢性上頜竇炎長期積膿，竇腔內黏膜有病變、伴有上頜骨炎、骨髓炎或腫瘤等疾病禁用上頜竇開窗術。
3.手術方式：上頜竇根治術是將上頜前壁鑿開，清除上頜竇內比較嚴重的炎性病變組織，從而達到治療目的；上頜竇開窗術是在下鼻道外側壁鑿開一個較大的創口，通入上頜竇，將竇內膿液引流後緩解症狀，是一種比較保守的手術方式。
上頜竇根治術和上頜竇開窗術各有利弊，應結合自身實際情況和醫生的建議，選擇合適的治療方式。
