扁桃體天生腫大的治療方法通常有藥物治療和手術治療等。
1. 藥物治療
(1)漱口劑
可以根據醫生的建議使用清熱解毒功能的漱口劑，如用復方硼砂溶液、復方洗必泰漱口液等漱口劑對扁桃體進行抗菌治療，可以緩解扁桃體天生腫大的症狀。
(2)抗菌消炎藥
可以根據醫生的建議口服抗菌消炎藥，如青霉素、頭孢克肟、紅霉素等，治療消除扁桃體炎症，可以緩解扁桃體天生腫大的症狀。
2.手術治療
(1)扁桃體剝離術
手術首先需要局部或全身麻醉。麻醉後用扁桃體鉗拉開扁桃體，用手術彎刀割開齶咽弓部分黏膜和齶舌弓游離緣，然後用扁桃體剝皮器進行分離扁桃體囊，取出扁桃體，從而改善扁桃體天生腫大的症狀。
(2)扁桃體擠切術
如果是扁桃體天生腫大的程度比較輕，可以通過扁桃體擠切術來改善扁桃體天生腫大的症狀，手術過程通常是將扁桃體壓入專業的擠壓刀內，通過旋轉進行擠壓切割將扁桃體取出。
患者需注意多運動增強抵抗力，平時不要吃特別辛辣刺激的食物，以免受涼，引起扁桃體發炎。
