治療扁桃體炎最有效的方法就是做扁桃體切除術，然而任何手術操作本身就具有創傷，一定會留下疤痕，只是這種疤痕增生往往發生在口腔，從外觀上來看不會有明顯變化。故而不用過於擔心，更不要因為會留下疤痕而選擇不做手術，這樣反而會不利於身體健康。
從原則上來講，手術操作本身就有創傷，留下疤痕是非常正常的。然而扁桃體切除手術是在口腔內部操作，面部並沒有皮膚切口，所以從表面上來看不存在疤痕，這種疤痕增生往往發生在口腔。其次，扁桃體出現疤痕後容易給患者帶來不適，其中最常見的為局部異物感，特別是在吞咽時非常明顯，但隨著時間的延長，疤痕可逐漸軟化，這時異物感也逐漸消失。
因為每個人的體質不一樣，扁桃體摘除術後留疤的嚴重程度也存在差別。例如疤痕體質的人群，留疤的程度會更重，且比正常人群更難以恢復。除此之外，本身炎症就很輕、周圍組織粘連不嚴重的患者，手術操作的創傷會更小，疤痕自也不明顯，當創面生長白膜後，白膜下的肉芽組織生長脫落，傷口就會以疤痕形式愈合。
