雙側基底節區腔隙性腦梗塞一般來說病情不嚴重，甚至有很多患者完全沒有任何症狀。此病大部分患者症狀輕微，屬於顱內穿支小動脈閉塞導致，經過積極治療後絕大部分恢復不錯，一般不會遺留嚴重的後遺症。但也有一小部分患者腔隙性梗死面積不大，但梗死的位置特別重要，比如累及到內囊區導致癱瘓，就會很嚴重，預後一般也不是很好。症狀較嚴重者，建議患者及時到實體醫院就診，查明原因，明確診斷，對症支持治療，避免耽誤病情。
腦幹雙側基底節腔隙性腦梗塞一般不會出現持續缺血的情況，患者也不會出現其他明顯的不適，此時病情並不是特別嚴重。如果出現了持續缺血的情況，通常會伴隨肢體麻木、無力等症狀，還有可能會導致頭暈頭痛。此時病情相對比較嚴重，如果得不到及時有效的治療，會導致運動功能、語言功能受到損傷，留下偏癱、失語等一系列後遺症。
患有腦幹雙側基底節腔隙性腦梗塞的患者，需要遵醫囑使用具有降壓作用的藥物治療，比如硝苯地平緩釋片、氨氯地平緩釋片等。同時也可以配合使用阿司匹林腸溶膠囊等抗凝血的藥物。
