兒童蛛網膜囊腫後遺症有感染、分流管依賴問題以及顱內出血等。
1.引發感染
兒童一旦出現蛛網膜囊腫的症狀，可採用腹腔分流術來治療，手術時主要通過囊腫腹腔分流管，從而達到治癒蛛網膜囊腫效果。如在術後不加強護理，極容易提高感染的機率。主要因為分流管是異物，對於抗生素治療無效，為此引發了感染出現。
2.分流管依賴問題
兒童蛛網膜囊腫可引發分流管依賴問題出現，可以說這是非常嚴重的後遺症，需要不斷地從囊腫中將水引流到腹腔，一旦分流管壓力不平衡或是出現梗阻斷裂的情況，兒童無法適應高顱壓狀態，從而產生分流管障礙，這屬於災難性的後果，如處理不當還會威脅到性命。
3.內鏡造瘻造成風險
如蛛網膜囊腫兒童採用內鏡造瘻出現，將會引發嚴重的風險出現，提高顱內出血的發生率。主要因為囊腫進行造瘻之後，其顱壓明顯變低，繼而引發出血表現，導致寶寶的健康受損。
4.急性腦膿腫
針對於發病時間較長的蛛網膜囊腫兒童，在得不到有效治療的情況下，其症狀持續發展，有可能還會出現急性腦膿腫的情況，這是因為蛛網膜囊腫巨大，極容易形成張力性囊腫，在囊腫去除後顱內壓可在短期時產生變化，甚至會產生蛛網膜粘連的可能。
