頜骨囊腫的治療，除年齡因素外，囊腫發生的部位也決定手術方法的選擇。囊腫位於上頜骨或下頜骨，前部或後部，中線或兩側，都應分別採取不同的方法予以處理。囊腫大小不一樣也應採取不同方法。
一、手術治療
1.小型囊腫的治療齶前部或中線的裂隙囊腫，如切牙管囊腫，鼻齶囊腫或正中囊腫的治療。如作一次囊腫摘除，剝離囊膜時極易穿通鼻底，形成口鼻漏。這種瘻道修補起來非常困難，有時經多次手術也難修復。對於這種情況，最好不作囊腫摘除，而作半切除開放手術。即將囊腫突出或未突出口腔的囊腫壁，連同表面的齶黏膜切除，其鼻腔面不予切除。
2.中型囊腫的治療老年人中型骨囊腫的治療，以開窗減壓術最為安全，且創傷小，痛苦少，同樣可以達到治療的目的。通常開窗術後的減壓時間為6至18個月，減壓後囊腫消失者不需II期手術，未完全消失者可行II期手術刮除縮小囊腫。
3.大型頜骨囊腫的治療大型頜骨囊腫患者，尤其是老年人。因截骨範圍較大，手術比較複雜，術後易導致面部畸形，老年人難以承受大型手術等特點，所以多主張先採用頜骨囊腫的治療，除年齡因素外，囊腫發生的部位也決定手術方法的選擇。囊腫位於上頜骨或下頜骨，前部或後部，中線或兩側，都應分別採取不同的方法予以處理。囊腫大小不一樣也應採取不同方法。
二、其他治療
根尖感染引起的小型囊腫，如為死髓牙引起，可將病源牙作根管治療，充填後作囊腫摘除，或在術中充填，同時作根尖切除。創口可予以縫合，一般均可獲得一期愈合。如為殘根引起，可拔除殘根，擴大拔牙創齒槽窩，將囊腫摘除或刮淨，拔牙創予以縫合，也可獲得一期愈合。
