艾森曼格綜合徵是先天性心臟病發展到終末期的表現，患者常有嚴重的肺動脈高壓，已經失去手術治療的機會。常用的治療方案有基礎治療和靶向藥物治療。
基礎治療的目的是改善右心功能和防止血栓形成，對肺血管病變並無作用。常用的藥物有洋地黃類、利尿劑、抗凝藥物、多巴胺和多巴酚丁胺。
靶向治療藥物主要有4類，第1類是前列環素類藥物，可以抑制血管平滑肌的生長和血小板聚集，從而鬆弛血管；第2類是內皮素受體拮抗劑，目前常用的有波生坦和安立生坦；第3類是磷酸二酯酶5抑制劑，常用的有西地那非和他達那非。另外還有鳥苷酸環化酶激動劑，能夠直接刺激鳥苷酸環化酶，增強其對低水平一氧化碳的敏感性，目前有利奧西胍可用。
