扁桃體位於口腔內咽部的區域，主要位於消化道和呼吸道的交匯處，一部分扁桃體會被齶舌弓遮蓋，一般只要將嘴巴張大就能夠直接看到扁桃體。不過這僅僅是扁桃體的一部分，完整的扁桃體包括齶扁桃體、咽扁桃體、舌扁桃體、咽鼓管扁桃體。
1.齶扁桃體：扁桃體在懸雍垂的兩側各有一個，張開嘴巴後，看到表面坑坑窪窪的軟組織就是齶扁桃體。
2.咽扁桃體：咽扁桃體位於咽部的後壁，表面有一層假復層纖毛柱狀上皮，而且局部的黏膜組織還會有一些縱行皺襞。
3.舌扁桃體：舌扁桃體位於舌根和咽前壁，表面被覆復層扁平上皮，而且上皮內有淋巴細胞浸潤，固有層內含有一些淋巴小結和彌散的淋巴組織。
4.咽鼓管扁桃體：咽鼓管扁桃體位於咽鼓管檐口附近黏膜內的淋巴組織，這裡的淋巴細胞能夠參與人體的免疫功能，是人體防禦的一個重要裝置和部位。
