任何手術都伴隨相應的手術風險，漏斗胸的微創手術治療風險很小，但也有風險，如：出血、感染、麻醉風險等。只是發生率比較低。
同時術後也有其手術可能的併發症，如：
1.術後疼痛：採取相應止痛措施，患者的術後疼痛在1個月左右會緩解；
2.鋼板移位：發生率介於2%-27%。在一些情況下，鋼板發生旋轉移位(向後旋轉90°或180°)，而在其他情況下鋼板出現側向移位。隨著手術經驗的累積和穩定器設計的一些技術改進，鋼板發生移位的可能性已大大下降；
3.心臟併發症：手術時有發生心臟損傷可能，術後一般不會發生心臟併發症；
4.胸腔積液：術後胸腔積液的發生率約為3%，通常發生在術後約2周的時間；
5.氣胸：統計顯示有臨床意義氣胸的發生率介於1%-7%；
6.復發：術後漏斗胸復發的原因通常是鋼板移位、鋼板移除過早、鋼板數量不足、鋼板置入胸部的位置過於偏向外側或者鋼板的順應性過大。研究者提出，應當直到患者至少18歲且鋼板已放置至少2年時才移除鋼板。
