疼痛是子宮內膜異位症的主要症狀，其疼痛特點為繼發性痛經，進行性加重。疼痛多位於下腹腰骶部及盆腔中部，有時可放射至會陰部、肛門及大腿，常於月經來潮時出現，並持續至整個經期。
疼痛嚴重程度與病灶大小不一定呈正比，粘連嚴重的卵巢異位囊腫患者可能無明顯疼痛，而盆腔內小的散在病灶卻可引起難以忍受的疼痛。
少數患者可表現為持續性下腹痛，經期加劇。但有27％-40％患者無痛經，因此痛經不是內異症診斷的必需證據。
另外，由於直腸子宮陷凹也有異位病灶，或者局部黏連導致子宮後傾固定，性交時碰撞或者子宮收縮上提而引起疼痛，一般表現為深部性交痛，月經來潮前性交痛最明顯。
