子宮內膜異位症的基本病理變化為異位子宮內膜隨卵巢激素變化而發生週期性出血，導致周圍纖維組織增生和囊腫、粘連形成，在病變區出現紫褐色斑點或小泡，最終發展為大小不等的紫褐色結節或包塊。內異症根據發生的部位不同分為不同的病理類型：
1.卵巢性內異症：卵巢最易被異位內膜侵犯，約80%病變累及一側，累及雙側者佔50%。卵巢的異位內膜病灶分為兩種類型：微小病變型，位於卵巢淺表層的紅色、藍色或棕色等斑點或小囊，病灶只有數毫米大小。典型病變型，又稱囊腫型，陳舊性血液聚集在囊內，形成咖啡色粘稠液體，似巧克力樣，俗稱卵巢巧克力囊腫；
2.腹膜型內異症：分布於盆腔腹膜和各臟器表面。以宮骶韌帶，直腸子宮陷凹和子宮後壁下段漿膜最為常見；
3.深部浸潤型：指病灶浸潤深度≥5毫米的內異症；
4.其他部位的內異症：如腹壁切口內異症，以及其他少見的遠處內異症，如肺、胸膜等部位的內異症。
