子宮內膜異位症的症狀與月經週期密切相關，有25%的患者無任何症狀。典型症狀為繼發性痛經進行性加重，內異症患者不孕率高達40%，同房疼痛，15%~30%的患者有經量增多，經期延長或月經淋灕不盡或經前期點滴出血。
另外盆腔外任何部位有異位內膜種植生長時均可在局部出現週期性疼痛，出血和腫塊，並出現相應症狀，並且卵巢子宮內膜異位囊腫扭轉破裂時，可發生急腹症。
治療內異症的根本目的是縮減和去除病灶，減輕和控制疼痛，治療和促進生育，預防和減少復發，包括藥物治療和手術治療。目前認為腹腔鏡確診，手術加藥物為內異症的金標準治療。
