胎兒做磁共振檢查是沒有影響的。磁共振的優點在於可以通過多平面重建及大範圍掃描，使得對複雜畸形的觀察更加容易。胎兒磁共振檢查的主要指徵是對不確定的超聲檢查發現做進一步的評估。在胎兒中樞神經系統，磁共振優良的組織分辨能力，很好的顯示腦部的成熟與結構的關係，可以很好的區別和診斷中樞神經系統的畸形。
在胎兒頸部腫塊，磁共振可以幫助評估胎兒氣道，以便於在出生時做好合理的預案。在胎兒胸部疾病，磁共振在胸部畸形診斷中最常見的是先天性膈疝的診斷，磁共振則可以直接分辨肝臟疝入的部位和程度。在胎兒盆腔畸形中，磁共振不同的信號強度有助於區分近端和遠端小腸。
