核磁共振檢查多數人會有不適，通常是因為該檢查噪音巨大而造成，一般需佩戴耳塞，以減少對噪音干擾。多數患者可順利進行磁共振檢查，少數膽小、緊張的患者恐懼磁共振檢查，無法適應，可能與個人的心理素質有關。
建議該類患者調整心態，一般可以有家屬陪伴進去，握住患者手給予鼓勵，實在不行可以改做其他檢查。有的部位檢查可以通過例如CT代替，和醫生溝通選擇合適的檢查。
核磁共振造影劑過敏的發生率較小，可能為幾十萬分之一，且醫療機構一般具備相應的應急方案，如患者出現過敏現象，通常可獲得及時治療。所以難受大多數與患者心理素質有關，可以盡量避免。
