第三代試管嬰兒被公認為最安全。其在移植前給胚胎做基因篩查，把染色體異常或單基因病的胚胎剔除，只選健康的移植，流產和出生缺陷風險明顯下降。相比之下，第一代只是讓卵子和精子在體外結合，第二代把精子直接注射進卵子，都無法檢測基因，流產率相對較高。
臨床數據顯示，經過篩查的胚胎流產率降到一成左右，活產率提高，多胎率降低，母體併發症也減少。取細胞時用激光，創口很小，不影響胚胎發育，寶寶畸形率和自然懷孕差不多。
但這項技術也有局限，多基因病、宮內環境引起的異常查不出來，而且費用比前兩代高。卵巢功能差、胚胎少的人，可能得不到足夠樣本篩查，獲益有限，需醫生評估是否值得做。
備孕女性應提前調整體重、補充葉酸、戒煙酒，進入治療週期後按時打針，避免劇烈運動，出現腹脹或呼吸困難立即回醫院。移植後保持放鬆心態，產後也要按時產檢，確保母嬰健康。
