肛瘻的臨床表現有肛周反復流膿、疼痛、瘙癢、排便不暢、全身症狀等。
1. 肛周反復流膿：這是肛瘻最主要的表現。瘻管一旦形成，會間斷性或持續性地從外口流出膿性、血性或黏液性分泌物，有時還會伴有糞便或氣體排出。外口愈合後，由於分泌物積聚，又會再次破潰流膿，如此反復發作。
2. 疼痛：平時一般疼痛不明顯，當瘻管通暢時僅有局部墜脹感。但當外口堵塞，引流不暢，或炎症急性發作時，會出現明顯疼痛，多為脹痛或跳痛，行走或排便時疼痛會加劇。
3. 瘙癢：由於膿性分泌物不斷刺激肛周皮膚，可引起肛周皮膚瘙癢，還可能導致肛周皮膚濕疹，出現紅斑、丘疹、水皰等，搔抓後可出現破潰、滲液。
4. 排便不暢：複雜性肛瘻或瘻管圍繞肛管形成馬蹄形時，可影響肛門括約肌的正常功能，導致排便不暢，有排便不盡感。
5. 全身症狀：一般單純性肛瘻無明顯全身症狀。但如果肛瘻反復發作，炎症範圍擴大，或形成高位複雜性肛瘻，可能會出現發熱、寒戰、乏力等全身感染症狀。
肛瘻患者日常要注意保持肛周清潔，排便後用溫水清洗肛門，避免久坐，防止局部血液循環不暢加重症狀。飲食上避免食用辛辣刺激性食物，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢。一旦發現肛瘻相關症狀，應及時就醫，遵醫囑進行規範治療，以免病情加重。
