基孔肯雅病毒通常會變異。
基孔肯雅病毒屬於RNA病毒，其遺傳物質是單鏈RNA。單鏈RNA結構不穩定，在病毒複製過程中，相關的聚合酶缺乏有效的校正機制，難以精准識別和修復複製過程中出現的錯誤，這就使得病毒在複製過程中容易出現鹼基錯配等情況，進而導致基因序列發生改變，也就是出現變異。
病毒在傳播過程中，會面臨不同的環境壓力。比如在不同宿主的免疫系統作用下，為了更好地逃避宿主免疫系統的識別和清除，病毒會通過變異來改變自身的一些抗原特性。而且當病毒從一個宿主物種傳播到另一個宿主物種時，為了適應新宿主的生理環境，也會發生變異以獲得更好的生存和傳播能力。
在日常生活中，為預防基孔肯雅病毒感染，要注意做好防蚊滅蚊措施。清理居住環境周邊的積水，因為積水是蚊蟲滋生的重要場所。可使用紗窗、蚊帳等物理屏障，減少蚊蟲進入室內的機會。外出時，可穿著長袖長褲，必要時塗抹驅蚊劑，降低被蚊蟲叮咬的風險，從而降低感染基孔肯雅病毒的可能性。
