基孔肯雅病毒通常會發生變異。
基孔肯雅病毒作為一種RNA病毒，其基因信息存儲在核糖核酸分子中。由於RNA的結構相對不穩定，在病毒複製過程中，相關的聚合酶缺乏有效的校正機制，難以精准無誤地複製病毒的遺傳信息，這就使得複製過程容易出現錯誤，進而導致基因序列發生改變，也就是變異。
病毒在傳播過程中，會面臨各種不同的環境壓力。比如，宿主的免疫系統會對病毒發起攻擊，為了逃避這種免疫清除，病毒就需要通過變異來改變自身的一些特徵，讓免疫系統難以識別。而且不同地區的人群免疫背景存在差異，病毒在不同人群中傳播時，也會因適應新環境而發生變異。
在日常生活中，預防基孔肯雅病毒感染十分重要。要注意做好防蚊滅蚊工作，定期清理家中積水，因為積水是蚊蟲滋生的溫床。外出時盡量穿著長袖長褲，避免前往蚊蟲密集的場所。若出現發熱、關節疼痛等疑似感染症狀，應及時就醫並告知醫生相關暴露史，以便盡早診斷和治療，防止病情延誤。
