基孔肯雅熱診斷需排除登革熱、瘧疾、風濕熱、萊姆病、恙蟲病等。
1. 登革熱：登革熱與基孔肯雅熱均由蚊蟲傳播，臨床症狀有相似之處，都可能出現發熱、皮疹、關節疼痛等表現。但登革熱的疼痛多為頭痛、眼眶痛、肌肉和骨關節劇烈酸痛，且部分患者會有出血傾向，如鼻出血、牙齦出血等，而基孔肯雅熱以關節疼痛更為突出，尤其是小關節，通過病毒核酸檢測、血清學檢測等可鑒別。
2. 瘧疾：瘧疾同樣經蚊蟲叮咬傳播，發作時也有發熱症狀，熱型多不規則，還伴有寒戰、大汗等。不過瘧疾患者血塗片可找到瘧原蟲，這是與基孔肯雅熱鑒別的關鍵，基孔肯雅熱患者血塗片無瘧原蟲，且瘧疾一般無明顯關節症狀。
3. 風濕熱：風濕熱是一種與A組乙型溶血性鏈球菌感染有關的全身性結締組織的非化膿性疾病，常有關節炎表現，多侵犯大關節，呈游走性疼痛，可伴有心臟炎、環形紅斑等。與基孔肯雅熱不同的是，風濕熱發病前常有鏈球菌感染史，實驗室檢查抗O等指標可升高，而基孔肯雅熱有明確的蚊蟲叮咬史及相關病毒感染證據。
4. 萊姆病：萊姆病是由伯氏疏螺旋體引起的自然疫源性疾病，通過蜱蟲傳播，早期可出現游走性紅斑，隨後可有關節、心臟、神經等多系統損害。與基孔肯雅熱相比，萊姆病的關節症狀多累及大關節，且有蜱蟲叮咬史及相應的病原體檢測結果可資鑒別。
5. 恙蟲病：恙蟲病由恙蟲病東方體引起，通過恙蟎幼蟲叮咬傳播，有發熱、焦痂或潰瘍、淋巴結腫大等表現。與基孔肯雅熱不同，恙蟲病患者有野外活動被恙蟎叮咬史，焦痂或潰瘍是其特徵性表現，血清學檢查可發現特異性抗體，而基孔肯雅熱無此特徵。
在日常生活中，若出現發熱、關節疼痛等症狀，應及時就醫。就醫時詳細告知醫生近期的活動軌跡、是否有蚊蟲叮咬史等信息，以便醫生準確判斷病情。同時，做好防蚊滅蚊措施，如使用蚊帳、驅蚊劑等，可降低感染相關疾病的風險。若被診斷為基孔肯雅熱或其他疾病，需嚴格遵醫囑進行治療和康復。
