基孔肯雅熱病毒變異通常會增加治療難度。
基孔肯雅熱病毒變異後，其生物學特性會發生改變。病毒的抗原性可能出現變化，原本針對特定抗原的治療手段，比如某些藥物和疫苗，效果會大打折扣。因為藥物和疫苗的作用機制是基於對病毒特定結構和抗原的識別，當病毒變異，這些結構改變，藥物和疫苗就難以精准發揮作用，無法有效抑制或消滅病毒。
病毒變異還可能導致傳播能力和致病性的改變。傳播能力變強意味著感染人數可能增多，醫療資源面臨更大壓力，增加了治療的複雜性。而致病性增強，患者的症狀可能更嚴重，出現更多併發症，這對治療方案的制定提出了更高要求，需要綜合考慮更多因素，加大了治療的難度。
面對基孔肯雅熱病毒變異帶來的治療挑戰，在日常生活中，要做好個人防護。盡量避免前往病毒流行地區，若必須前往，要採取防蚊措施，如穿長袖長褲、使用驅蚊劑等。日常居住環境要注意清潔衛生，定期清理積水，減少蚊蟲滋生。一旦出現發熱、關節疼痛等疑似症狀，應及時就醫並告知醫生相關接觸史，嚴格按照醫生的診斷和治療方案進行治療。
