流行性乙型腦炎的治療方法主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫中藥治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持病室安靜、空氣流通。密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵及意識、瞳孔變化。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼，保證水、電解質及酸鹼平衡。這樣做能為患者創造良好的治療環境，及時發現病情變化並維持身體基本需求，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，配合藥物降溫，遵醫囑用布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片、柴胡注射液等。抽搐者，保持呼吸道通暢，防止窒息，遵醫囑用地西泮注射液、苯巴比妥鈉注射液、水合氯醛灌腸劑等控制驚厥。呼吸衰竭者，去除病因，必要時使用呼吸興奮劑如洛貝林注射液、尼可剎米注射液、二甲弗林注射液等，改善呼吸功能。通過對症處理可緩解患者症狀，減輕痛苦，降低併發症風險。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可應用抗病毒藥物，遵醫囑用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等。這些藥物能抑制病毒複製，減輕病毒對神經系統的損傷，從而控制病情發展，縮短病程，減少後遺症的發生。
4. 中醫中藥治療：根據患者症狀、體徵進行辨證論治。如衛氣同病者，治以清熱解毒、辛涼透表，常用銀翹散合白虎湯加減；氣營兩燔者，治以清氣涼營、瀉火解毒，常用清瘟敗毒飲加減；恢復期余熱未盡者，治以養陰清熱，常用青蒿鱉甲湯加減。中醫中藥可整體調節患者身體機能，提高機體免疫力，促進康復。
5. 康復治療：對於有後遺症的患者，如肢體癱瘓、智力障礙等，可進行康復訓練，包括物理治療如按摩、針灸、理療等，以及語言訓練、認知訓練等。通過康復治療可促進神經功能恢復，提高患者生活自理能力和生活質量。
流行性乙型腦炎患者治療後要注意休息，保證充足睡眠，避免勞累。飲食上加強營養，多攝入富含蛋白質、維生素等營養物質的食物。按醫囑定期復查，以便及時瞭解身體恢復情況，若出現不適症狀應及時就醫。
