流行性乙型腦炎的聯合治療通常採用一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫中藥治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持病室安靜、空氣流通。密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵及神志、瞳孔變化。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼，以保證營養供給，維持水、電解質平衡，有助於患者在患病期間維持身體基本機能，為後續治療提供良好基礎，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，配合藥物降溫，遵醫囑使用對乙酰氨基酚片、布洛芬混懸液、阿司匹林腸溶片，將體溫控制在合適範圍，因為高熱會加重腦組織損傷。對於驚厥或抽搐，要去除病因，如因腦水腫引起，遵醫囑使用甘露醇注射液、甘油果糖注射液、呋塞米注射液脫水降顱壓，保持氣道通暢，防止窒息，避免驚厥對大腦造成進一步損害。呼吸衰竭者，必要時使用呼吸興奮劑，改善呼吸功能。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可進行抗病毒治療，遵醫囑使用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊，這些藥物能抑制病毒複製，減輕病毒對腦組織的侵襲，從而緩解病情，縮短病程，減少併發症的發生，提高患者的治癒率。
4. 中醫中藥治療：根據患者的症狀、體徵等進行辨證論治。如在急性期，常見衛氣同病證，可採用清熱解毒、辛涼透表的方劑，如白虎湯合銀翹散加減；氣營兩燔證，治以清氣涼營、瀉火解毒，如清瘟敗毒飲加減。中藥通過整體調理機體的陰陽平衡、氣血運行，增強機體的抵抗力，減輕炎症反應，輔助治療流行性乙型腦炎。
5. 康復治療：對於病情恢復期有肢體運動障礙、語言障礙、智力障礙等後遺症的患者，應盡早進行康復治療。包括物理治療如按摩、針灸、理療等，促進肢體血液循環，改善肌肉張力；語言訓練，幫助患者恢復語言功能；認知訓練，提高患者的智力水平和認知能力，盡可能減輕後遺症對患者生活質量的影響。
流行性乙型腦炎患者在治療後，日常生活中要注意休息，保證充足睡眠，利於身體恢復。飲食上逐漸增加營養攝入，多吃富含蛋白質、維生素的食物。避免前往蚊蟲多的地方，做好防蚊措施，防止再次感染。按醫囑定期復查，以便及時瞭解身體恢復情況，若出現異常及時就醫。
