流行性乙型腦炎需與中毒型菌痢、化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎、其他病毒性腦炎、腦型瘧疾等鑒別。
1. 中毒型菌痢：起病急驟，發展迅速，於發病24小時內出現高熱、驚厥、昏迷，甚至呼吸、循環衰竭。但腸道症狀常在數小時後出現，故早期易與乙腦混淆。肛拭或生理鹽水灌腸取糞便鏡檢，發現大量膿細胞或紅細胞可確診。
2. 化膿性腦膜炎：多在冬春季發病，高熱、頭痛、嘔吐、驚厥等症狀明顯，腦脊液檢查外觀混濁，白細胞計數顯著增多，以中性粒細胞為主，糖含量降低，蛋白質含量增高，塗片或培養可找到病原菌。
3. 結核性腦膜炎：起病緩慢，病程較長，有低熱、盜汗、乏力、消瘦等結核中毒症狀，腦脊液檢查外觀呈毛玻璃樣，白細胞計數多在50～500×10⁶/L，以淋巴細胞為主，糖和氯化物含量降低，蛋白質含量增高，薄膜塗片或培養可找到結核桿菌。
4. 其他病毒性腦炎：如腸道病毒、單純皰疹病毒等引起的腦炎，臨床表現與乙腦相似，但確診需依靠血清學檢查和病毒分離。
5. 腦型瘧疾：有在瘧疾流行區居住或旅行史，間歇性發作的寒戰、高熱、大汗，貧血及脾腫大等表現，血塗片找到瘧原蟲可確診。
日常生活中要做好防蚊滅蚊工作，如安裝紗窗、使用蚊帳等。按時接種乙腦疫苗，增強機體免疫力。若出現疑似乙腦症狀，應及時就醫，積極配合醫生檢查診斷與治療，嚴格遵醫囑用藥及進行相關護理，爭取早日康復。
