先天性膽管擴張症的治療方法有保守治療、內鏡治療、介入治療、囊腫切除膽腸吻合術、肝移植等。
1. 保守治療：對於症狀較輕、暫不適合手術的先天性膽管擴張症患者，保守治療可緩解症狀。通過禁食、胃腸減壓，減少胃腸道內容物對膽管的刺激，降低膽管內壓力。同時遵醫囑使用頭孢克肟顆粒、甲硝唑片、山莨菪鹼片，頭孢克肟顆粒可抑制細菌細胞壁合成起到抗感染作用，甲硝唑片能有效對抗厭氧菌，山莨菪鹼片可緩解膽管痙攣，減輕疼痛。
2. 內鏡治療：該方法適用於部分先天性膽管擴張症患者。通過內鏡可對膽管進行直接觀察和操作，如放置支架，能解除膽管梗阻，使膽汁順利引流，降低膽管內壓力，減輕膽管擴張程度，緩解因膽汁淤積引發的一系列症狀，改善患者病情。
3. 介入治療：對於一些不適合手術或不願手術的先天性膽管擴張症患者，介入治療是一種選擇。通過經皮肝穿刺膽管引流術等介入手段，可將膽汁引出體外，減輕膽管內壓力，緩解膽管擴張，減少膽汁對膽管壁的刺激，從而改善患者症狀，提高生活質量。
4. 囊腫切除膽腸吻合術：這是治療先天性膽管擴張症的常用手術方式。因為先天性膽管擴張症患者膽管存在異常擴張的囊腫，切除囊腫可去除病變組織，防止囊腫進一步增大壓迫周圍組織和器官。膽腸吻合可重建膽汁引流通道，使膽汁能正常流入腸道，避免膽汁淤積，從根本上解決疾病問題。
5. 肝移植：對於病情嚴重、肝臟功能嚴重受損的先天性膽管擴張症患者，肝移植是最後的治療手段。當患者肝臟因長期膽管擴張、膽汁淤積等出現不可逆損傷時，移植健康肝臟可替代原有病變肝臟的功能，恢復正常的膽汁代謝和排泄，從而輓救患者生命。
先天性膽管擴張症患者治療後要注意休息，避免過度勞累，保持規律作息，讓身體有足夠時間恢復。飲食上要遵循少食多餐原則，避免食用油膩、辛辣等刺激性食物，減輕消化系統負擔。同時要嚴格按照醫生囑咐定期復查，以便及時發現問題並調整治療方案。
