肛門鏡與直腸鏡在檢查範圍、器械特點、操作難度、檢查目的、不適感程度等方面存在不同。
1. 檢查範圍：肛門鏡主要用於檢查肛管及直腸末端部分，通常能觀察到距肛門緣約 10 釐米以內的區域；直腸鏡可觀察的範圍更廣，能深入到直腸中下段，一般可到達距肛門 15 - 20 釐米的直腸部位。
2. 器械特點：肛門鏡相對較短、較粗，直徑一般在 2 - 3 釐米，長度多在 7 - 10 釐米；直腸鏡相對細長，直徑約 1.5 - 2 釐米，長度在 15 - 25 釐米不等。
3. 操作難度：肛門鏡操作相對簡單，插入深度淺，醫生較易掌握；直腸鏡操作難度稍高，需更小心謹慎地插入，以避免損傷直腸黏膜，對操作者技術要求更高。
4. 檢查目的：肛門鏡主要用於檢查內痔、外痔、肛裂、肛瘻內口等肛管直腸末端病變；直腸鏡除可觀察直腸黏膜病變，如直腸炎、直腸息肉、直腸癌等，還能取組織進行病理檢查。
5. 不適感程度：肛門鏡檢查時，因器械短粗，擴張肛管可能引起較明顯的墜脹感和異物感；直腸鏡檢查時，因插入較深，可能引起腹部隱痛、腹脹等不適，尤其是在通過直腸彎曲部位時。
在進行檢查前，應遵循醫生的安排做好準備工作。檢查後，要注意休息，避免劇烈運動。若出現腹痛、便血等異常情況，需及時告知醫生。日常要保持良好的生活習慣，注意肛周衛生，預防肛腸疾病。
