鈎端螺旋體病需與流感、傷寒、流行性出血熱、黃疸型肝炎、腦膜炎等疾病鑒別。
1. 流感：流感起病急驟，有高熱、頭痛、乏力、全身酸痛等症狀，與鈎端螺旋體病早期表現相似。但流感無鈎端螺旋體病的結膜充血、腓腸肌壓痛等體徵，且無鈎端螺旋體病的血清學特異性改變，通過病毒分離及血清學檢查可鑒別。
2. 傷寒：傷寒持續發熱、相對緩脈、全身中毒症狀明顯，有玫瑰疹、肝脾腫大等表現。鈎端螺旋體病雖也有發熱等症狀，但傷寒血培養可發現傷寒桿菌，肥達反應陽性，而鈎端螺旋體病血清學檢查可發現特異性抗體，兩者可區分。
3. 流行性出血熱：流行性出血熱有發熱、出血、腎損害三大主症，與鈎端螺旋體病有相似之處。不過出血熱有典型的五期經過，特異性IgM抗體檢測有助於鑒別，鈎端螺旋體病則無此特徵性抗體。
4. 黃疸型肝炎：黃疸型肝炎以黃疸、肝損害為主，鈎端螺旋體病也可出現黃疸。但黃疸型肝炎無鈎端螺旋體病的全身中毒症狀、結膜充血、腓腸肌壓痛等表現，且肝炎病毒標誌物檢查可輔助鑒別。
5. 腦膜炎：腦膜炎以頭痛、嘔吐、頸項強直等腦膜刺激徵為主要表現，鈎端螺旋體病腦膜腦炎型與之相似。然而腦膜炎腦脊液檢查特點與鈎端螺旋體病不同，且鈎端螺旋體病有相應血清學改變可資鑒別。
日常生活中，在鈎端螺旋體病流行地區要注意避免接觸疫水，做好個人防護，如穿防護服、戴手套等。若出現發熱等不適症狀，應及時就醫，配合醫生進行相關檢查，以便早期診斷和治療，嚴格按照醫生的囑咐用藥和進行後續康復。
