流行性乙型腦炎的治療方法主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫治療、手術治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持安靜，密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼。做好口腔護理、皮膚護理，防止壓瘡和肺部感染等併發症。這樣做能為患者創造良好的治療環境，維持身體基本營養需求，減少其他併發症對病情的影響，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，遵醫囑使用布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片、柴胡注射液等藥物降溫；對於驚厥，保持呼吸道通暢，防止窒息，遵醫囑用苯巴比妥鈉注射液、地西泮注射液、水合氯醛灌腸劑控制驚厥；呼吸衰竭者，可吸氧，必要時使用呼吸興奮劑如尼可剎米注射液、洛貝林注射液等，還可進行氣管插管或切開等處理。對症治療能緩解患者的各種緊急症狀，減輕身體不適，避免因高熱、驚厥、呼吸衰竭等嚴重症狀危及生命。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可遵醫囑使用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等抗病毒藥物。這些藥物能抑制病毒的複製和繁殖，減少病毒在體內的數量，從而減輕病毒對神經系統等組織的損傷，控制病情發展，促進患者康復。
4. 中醫治療：根據患者的症狀、體徵等進行辨證論治，採用中藥方劑如白虎湯、清營湯等加減治療，還可配合針灸等療法，選取如大椎、曲池、合谷等穴位。中醫治療從整體出發，調整人體的陰陽平衡，改善患者的身體狀況，增強機體的抵抗力，輔助減輕流行性乙型腦炎的症狀，促進身體恢復。
5. 手術治療：若患者出現嚴重的腦部併發症如腦疝等，在必要時需進行手術治療，如顱骨鑽孔減壓術等。手術能迅速緩解腦部的壓力，解除腦組織受壓情況，避免因腦疝導致的嚴重神經功能損傷，輓救患者生命。
流行性乙型腦炎患者治療後要注意休息，保證充足睡眠，促進身體恢復。飲食上逐漸增加營養攝入，多吃富含蛋白質、維生素等食物。按醫囑定期復查，以便及時瞭解身體恢復情況，若有不適及時就醫。
