並不存在生殖器皰疹最佳的治療方法，常見的治療方式有抗病毒藥物治療、免疫調節治療、局部治療、中醫中藥治療、心理治療等。
1. 抗病毒藥物治療：通過使用阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋等藥物，抑制病毒複製，減輕症狀、縮短病程、減少復發頻率。一般在發病初期及時用藥效果較好，需按療程規範服用，不同病情嚴重程度和發作頻率，用藥劑量和療程有所差異。
2. 免疫調節治療：對於頻繁復發或病情嚴重的患者，可使用免疫調節劑，如干擾素、胸腺肽等，增強機體免疫力，降低復發幾率，輔助抗病毒治療，提高整體治療效果。
3. 局部治療：保持患處清潔、乾燥，可使用生理鹽水清洗。局部塗抹抗病毒藥膏，如阿昔洛韋乳膏等，有助於減輕局部症狀，促進皮損愈合，防止繼發感染。
4. 中醫中藥治療：中醫通過辨證論治，採用清熱解毒、利濕化濁等治法，使用相應的中藥方劑，或配合針灸等療法，調節機體整體狀態，輔助緩解症狀，提高機體抵抗力。
5. 心理治療：生殖器皰疹易復發，給患者帶來較大心理壓力，產生焦慮、抑鬱等不良情緒。心理治療可幫助患者正確認識疾病，緩解心理負擔，保持良好心態，利於疾病治療和康復。
治療生殖器皰疹需綜合多方面因素制定個體化方案。治療期間要注意休息，避免勞累，保持良好生活習慣，飲食清淡，避免食用辛辣刺激性食物，同時嚴格遵醫囑按時用藥、定期復查，以便及時調整治療方案。
