指甲里有細小短黑線可能是甲下淤血、甲母痣、真菌感染、微量元素缺乏、外傷等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有觀察等待、手術切除、抗真菌治療、補充微量元素、處理外傷等。
1. 甲下淤血：多因局部受到擠壓、碰撞等外傷導致甲床毛細血管破裂出血，血液淤積在指甲下形成黑線。一般隨著指甲生長，淤血會逐漸向遠端移動直至消失，通常無需特殊處理，可適當熱敷促進淤血吸收，日常注意避免再次擠壓受傷部位。
2. 甲母痣：是一種良性腫瘤，由痣細胞在甲母質部位異常增生形成黑線。多數甲母痣穩定，但少數有惡變可能。若黑線短期內增寬、顏色不均勻、邊界不規則等，需及時手術切除並做病理檢查明確性質。
3. 真菌感染：皮膚癬菌等真菌感染甲板及甲下組織，可破壞甲板結構，出現黑線等異常表現。遵醫囑外用鹽酸特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏、聯苯苄唑乳膏等抗真菌藥物，堅持用藥直至症狀消失後鞏固一段時間，同時注意保持指甲清潔乾燥。
4. 微量元素缺乏：長期營養不均衡，缺乏鐵、鋅等微量元素，可能影響指甲正常生長，出現黑線。可通過飲食補充，多吃富含微量元素的食物，如瘦肉、海鮮、堅果等，也可遵醫囑口服葡萄糖酸鋅口服液、多維鐵口服溶液、碳酸鈣D3片等補充相應元素。
5. 外傷：輕微的指甲外傷，如過度修剪指甲、美甲不當等，損傷甲床，也可能出現細小短黑線。應避免再次損傷，保持指甲清潔，一般隨著指甲修復，黑線會逐漸改善。
日常要注意保護指甲，避免外傷，保持指甲清潔衛生，均衡飲食，保證營養攝入。若黑線持續不消失、出現異常變化，應及時就醫，遵醫囑進一步檢查和治療 。
