沙眼衣原體在體內存活時間因多種因素而異，一般情況下，若不進行治療，可在體內存活數周甚至數月。通常其存活時間在2 - 12周左右。
沙眼衣原體是一種寄生於人體細胞內的微生物。它之所以能在體內存活一定時間，是因為人體的免疫系統在沒有外界干預時，難以完全清除它。沙眼衣原體具有獨特的發育週期，會在人體細胞內形成包涵體，以此來躲避人體免疫系統的部分攻擊，從而得以在體內持續存在。
在不同個體中，沙眼衣原體的存活時間會有所不同。免疫力較強的人，身體的免疫細胞能夠更快地識別並對抗沙眼衣原體，可能在2 - 4周左右就對其有明顯抑制，存活時間相對較短。而免疫力較弱的人群，比如老年人、兒童或者本身患有其他慢性疾病的人，沙眼衣原體可能在體內持續存在8 - 12周甚至更久。感染部位也會影響其存活時間，眼部感染相對較容易被發現和治療，存活時間可能較短；而泌尿生殖道感染若未及時察覺和干預，沙眼衣原體就有更多時間在體內繁殖和存活。
日常生活中，要注意個人衛生，保持良好的生活習慣，有助於預防沙眼衣原體感染。一旦確診感染，應積極配合醫生治療，嚴格按照醫囑用藥，不要自行停藥或減藥，確保徹底清除體內的沙眼衣原體，防止病情反復。
