腸毒綜合徵通常由細菌感染、病毒感染、寄生蟲感染、飼料因素、腸道菌群失調等引起。
1. 細菌感染：一些有害細菌如產氣莢膜梭菌、大腸桿菌等大量繁殖，產氣莢膜梭菌可產生多種毒素，破壞腸道黏膜，導致腸道功能紊亂，引發腸毒綜合徵。大腸桿菌某些血清型也會釋放毒素，影響腸道正常的消化吸收和免疫功能，使腸道出現炎症反應。
2. 病毒感染：如輪狀病毒、冠狀病毒等，這些病毒侵襲腸道上皮細胞，在細胞內大量複製，破壞細胞結構和功能，導致腸道黏膜受損，消化酶分泌異常，進而引起腸道吸收障礙、腹瀉等腸毒綜合徵症狀。
3. 寄生蟲感染：球蟲等寄生蟲感染腸道後，在腸道內寄生並繁殖，損傷腸道黏膜，影響腸道的正常生理功能，還可能引發腸道內環境改變，促使有害菌滋生，最終誘發腸毒綜合徵。
4. 飼料因素：飼料品質不佳，如含有霉變物質、營養成分不均衡等，霉變飼料中的毒素會損害腸道黏膜，影響腸道健康。營養不均衡可能導致機體免疫力下降，使腸道更容易受到病原體的侵襲，引發腸毒綜合徵。
5. 腸道菌群失調：長期使用抗生素、應激等因素可破壞腸道內的正常菌群平衡，有益菌數量減少，有害菌趁機大量繁殖，產生毒素，刺激腸道黏膜，引發炎症，進而導致腸毒綜合徵。
要注重日常飼養管理，保證飼料優質、無霉變，維持養殖環境清潔衛生、溫濕度適宜，減少應激因素。定期對養殖場所進行消毒，合理使用藥物，避免濫用抗生素，以維護腸道菌群平衡，降低腸毒綜合徵的發生幾率。
