流行性乙型腦炎的治療方法主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫中藥治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持病室安靜、空氣流通。密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵，做好口腔和皮膚護理，防止壓瘡和肺部感染等併發症。保證營養及能量供給，昏迷患者可通過鼻飼補充營養，維持水、電解質平衡，有助於患者維持身體基本機能，為對抗疾病提供基礎支持，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，配合使用退熱藥物如對乙酰氨基酚片、布洛芬膠囊、阿司匹林腸溶片等，遵醫囑用藥，將體溫控制在合適範圍，因為高熱會增加腦組織的代謝和耗氧量，加重腦損傷。對於驚厥或抽搐，可使用地西泮注射液、苯巴比妥鈉注射液、水合氯醛灌腸劑等，遵醫囑用藥，通過抑制中樞神經系統過度興奮來控制症狀，防止驚厥對大腦造成進一步損害。呼吸衰竭者，必要時進行氣管插管或氣管切開，使用呼吸興奮劑如尼可剎米注射液、洛貝林注射液等，遵醫囑用藥，以維持呼吸功能，保證氧氣供應，避免腦組織因缺氧而受損。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可使用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等，遵醫囑用藥，這些藥物能抑制病毒的複製，減輕病毒對腦組織的侵襲，從而緩解病情，縮短病程，減少併發症的發生，促進患者康復。
4. 中醫中藥治療：根據患者的症狀、體徵及舌象、脈象等進行辨證論治。常用清熱解毒、熄風止痙等治法，可選用安宮牛黃丸、紫雪丹、至寶丹等中成藥，遵醫囑用藥，通過調節人體整體的陰陽平衡和臟腑功能，增強機體的抵抗力，減輕炎症反應，輔助治療流行性乙型腦炎。
5. 康復治療：對於病情恢復期有肢體運動障礙、語言障礙、智力減退等後遺症的患者，可進行康復訓練，包括物理治療如按摩、針灸、理療等，以及語言訓練、認知訓練等，幫助患者恢復受損的功能，提高生活質量。
流行性乙型腦炎患者在治療期間及恢復後，要注意休息，保證充足睡眠，避免勞累。飲食上應加強營養，多攝入富含蛋白質、維生素等營養物質的食物。按醫囑定期復查，以便及時瞭解身體恢復情況，若有不適及時就醫。
