肛瘻的治療方法主要包括藥物治療、坐浴、瘻管填塞、掛線療法、手術治療等。
1.藥物治療：肛瘻患者常伴有感染，遵醫囑用藥可緩解炎症。如阿莫西林膠囊、甲硝唑片、左氧氟沙星片等抗生素，可減輕局部炎症，控制感染，有助於肛瘻的治療。
2.坐浴：通過溫水坐浴，可清潔肛門周圍皮膚，改善局部血液循環。對於肛瘻患者，坐浴能緩解疼痛、瘙癢等症狀，促進傷口愈合。可在溫水中加入適量的高錳酸鉀，配成1：5000的溶液進行坐浴。
3.瘻管填塞：對於一些較簡單的肛瘻，可採用瘻管填塞的方法。將生物材料或藥物填入瘻管內，促進瘻管愈合。這種方法操作相對簡單，但適用範圍較窄。
4.掛線療法：是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘻的方法。該療法可以避免一次性切斷肛管直腸環，造成肛門失禁，是治療肛瘻的常用方法之一。
5.手術治療：對於較複雜或嚴重的肛瘻，手術是主要的治療方法。通過手術切除肛瘻瘻管及周圍的病變組織，達到治癒的目的。手術方式包括肛瘻切開術、肛瘻切除術等。
肛瘻患者在治療的同時，應注意保持肛門局部清潔，避免食用辛辣刺激性食物，養成良好的排便習慣。如發現肛瘻相關症狀，應及時就醫，根據病情選擇合適的治療方法。
