百日咳的治療方式包括一般治療、抗菌治療、對症治療、併發症治療以及中醫治療等。
1.一般治療：保持室內安靜、空氣新鮮和適當溫度、濕度。半歲以下嬰兒常突然發生窒息，應有專人守護。
2.抗菌治療：抗菌治療可清除鼻咽部的病原體，減少傳播，痙咳期使用通常不能縮短病程。
3.對症治療：痙咳劇烈者可給鎮靜劑，如苯巴比妥鈉、地西洋等。沙丁胺醇亦能減輕咳嗽，可以試用。
4.併發症治療：併發肺炎可選用敏感抗生素，併發腦病時可給予脫水、止痙等對症處理。
5.中醫治療：中醫稱百日咳為頓咳，根據病症的不同階段進行辨證論治，如在初咳期疏風散寒、宣肺止咳，在痙咳期清熱瀉肺、滌痰鎮咳等。
在治療百日咳的過程中，患者應注意休息，保持良好的生活習慣，加強營養，以提高身體的抵抗力，促進病情的恢復。
