百日咳的治療方法包括一般治療、抗生素治療、對症治療、併發症治療以及中醫治療等。
1.一般治療：保持室內安靜、空氣新鮮和適當溫度、濕度。半歲以下嬰兒常突然發生窒息，應有專人守護。保持呼吸道通暢，及時清除呼吸道分泌物。
2.抗生素治療：抗菌治療可清除鼻咽部的病原體，減少傳播，痙咳期使用通常不能縮短病程。常用藥物為紅霉素、氨苄西林等。
3.對症治療：痙咳劇烈者可給鎮靜劑，如苯巴比妥鈉、地西洋等。沙丁胺醇亦能減輕咳嗽，可以試用。
4.併發症治療：併發肺炎可選用敏感抗生素，併發腦病時可給予脫水、止痙等對症處理。
5.中醫治療：中醫稱百日咳為頓咳，根據不同的階段和症狀，採用不同的方劑進行治療，如在初咳期，常用桑菊飲加減；在痙咳期，常用桑白皮湯合葶藶大棗瀉肺湯加減；在恢復期，常用沙參麥冬湯加減。
在治療百日咳的過程中，患者應注意休息，避免勞累，保持良好的飲食習慣，增強自身免疫力。同時，要嚴格按照醫生的建議進行治療，按時服藥，定期復查，以便及時調整治療方案，促進病情的恢復。
