三個月寶寶低燒不退可能是環境溫度過高、上呼吸道感染、幼兒急疹、泌尿系統感染、免疫性疾病等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有調整環境溫度、藥物治療、物理降溫等。
1.環境溫度過高：寶寶體溫調節能力較差，環境溫度過高可能導致低燒不退。應保持室內適宜的溫度和濕度，給寶寶穿著合適的衣物。
2.上呼吸道感染：多由病毒感染引起，也可合併細菌感染。遵醫囑用藥，如小兒氨酚黃那敏顆粒、蒲地藍消炎口服液、阿莫西林顆粒等。同時要讓寶寶多休息，適量飲水。
3.幼兒急疹：發病初期可表現為低燒，隨後出現皮疹。一般採取對症治療，體溫過高時可進行物理降溫，如溫水擦浴。
4.泌尿系統感染：寶寶泌尿系統發育不完善，容易發生感染。需進行尿常規等檢查，明確診斷。遵醫囑使用抗生素，如頭孢克洛乾混懸劑、頭孢克肟顆粒、呋喃妥因腸溶片等。
5.免疫性疾病：如風濕熱等，較為少見。需要進行相關檢查，明確診斷後進行治療。
寶寶低燒不退時，家長應密切觀察寶寶的體溫變化、精神狀態等。如果寶寶體溫持續不退或出現其他異常症狀，應及時就醫，查明原因，以便進行針對性的治療。
