肛門有肉疙瘩疼可能是外痔、內痔脫出、肛周膿腫、肛乳頭肥大、直腸息肉等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有藥物治療、手術治療等。
1.外痔：肛門齒狀線以下的痔外靜脈叢曲張，在肛門緣形成的柔軟腫塊。可表現為肛門腫物、疼痛等。遵醫囑用藥，如馬應龍麝香痔瘡膏、痔速寧片、地奧司明片等。若症狀嚴重，可能需要手術治療。
2.內痔脫出：內痔發展到一定程度，可脫出肛門外，若不能及時回納，可引起疼痛。遵醫囑用藥，如肛泰栓、雲南白藥膠囊、邁之靈片等。嚴重時需手術治療。
3.肛周膿腫：多由肛腺感染引起，表現為肛門周圍的紅腫、疼痛，可觸及腫塊。遵醫囑使用抗生素，如頭孢呋辛酯分散片、甲硝唑片、阿莫西林膠囊等。一旦形成膿腫，需手術切開引流。
4.肛乳頭肥大：是一種良性腫瘤，可因糞便刺激等因素引起。表現為肛門腫物，伴有肛門墜脹感。一般以手術治療為主。
5.直腸息肉：當息肉較大或數量較多時，可脫出肛門外，引起疼痛。較小的息肉可定期復查，較大的息肉需手術切除。
在日常生活中，要注意保持肛門清潔，避免久坐，養成良好的排便習慣。飲食上，應多吃蔬菜、水果，避免辛辣刺激性食物。如出現肛門有肉疙瘩疼的症狀，應及時就醫，明確診斷後進行相應的治療。
