寶寶打完預防針發燒39℃可能是疫苗反應、上呼吸道感染、幼兒急疹、肺炎、中耳炎等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有物理降溫、藥物治療等。
1.疫苗反應：這是寶寶接種疫苗後常見的不良反應之一。部分寶寶在接種疫苗後，身體會產生免疫反應，可能出現發熱症狀。一般在接種後24小時內出現，持續1 - 2天。可先採取物理降溫，如溫水擦浴，體溫持續不降或超過38.5℃，可遵醫囑用藥，如對乙酰氨基酚混懸滴劑、布洛芬混懸液、小兒柴桂退熱顆粒。
2.上呼吸道感染：寶寶在接種疫苗後，免疫力可能會暫時下降，容易受到病毒或細菌的侵襲，引起上呼吸道感染，出現發熱、咳嗽、流涕等症狀。除了降溫處理外，還需根據感染類型進行治療。如為病毒感染，可遵醫囑使用利巴韋林顆粒、蒲地藍消炎口服液、抗病毒口服液；如為細菌感染，可遵醫囑使用阿莫西林顆粒、頭孢克洛乾混懸劑、阿奇霉素乾混懸劑等。
3.幼兒急疹：多發生在6 - 18個月的寶寶，通常在發熱3 - 5天後，體溫突然下降，同時出現皮疹。在發熱期間，可進行對症處理，如物理降溫、藥物降溫等。
4.肺炎：寶寶如果在接種疫苗後發生肺炎，也會出現發熱、咳嗽、呼吸急促等症狀。需要及時就醫，進行抗感染治療。如遵醫囑使用頭孢曲松鈉注射液、紅霉素注射液、阿莫西林克拉維酸鉀注射液等。
5.中耳炎：寶寶可能會出現發熱、耳痛、哭鬧等症狀。治療上需要使用抗生素，如遵醫囑使用頭孢呋辛酯片、氧氟沙星滴耳液、阿莫西林克拉維酸鉀分散片等。
寶寶打完預防針後出現發燒，家長要密切觀察寶寶的體溫變化和精神狀態。如果體溫持續不降或出現其他異常症狀，應及時就醫，查明原因，以便進行針對性的治療。同時，要給寶寶多喝水，保持室內空氣流通，注意休息。
