寶寶病毒感染反復發燒39℃可能是病毒未清除、免疫力低下、護理不當、合併細菌感染、環境因素等，需要針對病因治療，可採取的方法有抗病毒治療、增強免疫力、加強護理、合理使用抗生素、改善環境等。
1.病毒未清除：病毒感染後，若體內病毒未完全清除，可能導致反復發燒。需繼續進行抗病毒治療，如遵醫囑使用利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片、奧司他韋膠囊等。
2.免疫力低下：寶寶免疫力較弱，容易使病毒反復侵襲，導致發燒。可通過合理飲食、適當運動等方式增強免疫力。
3.護理不當：如保暖過度或不足、飲食不合理等，都可能影響寶寶的病情。應注意根據天氣變化及時調整衣物，保持飲食清淡、易消化。
4.合併細菌感染：病毒感染後，可能合併細菌感染，引起反復發燒。此時需進行血常規等檢查，如確診合併細菌感染，可遵醫囑使用阿莫西林顆粒、頭孢克洛片、阿奇霉素膠囊等抗生素治療。
5.環境因素：居住環境不佳，如空氣不流通、過於嘈雜等，可能影響寶寶的恢復。應保持室內空氣流通，安靜舒適。
寶寶生病期間，家長要密切觀察寶寶的體溫、精神狀態等。讓寶寶多休息，保證充足的睡眠。同時，要按照醫生的建議進行治療和護理，促進寶寶早日康復。
