小便時陰莖疼痛可能由多種原因引起，如尿道炎、前列腺炎、尿道結石、包皮龜頭炎、陰莖外傷等。
1. 尿道炎：多由細菌感染引起，會導致尿道黏膜炎症，出現尿痛症狀。治療需使用抗生素，同時多喝水，促進排尿。
2. 前列腺炎：前列腺發生炎症時，可引起會陰部疼痛及尿痛。可通過藥物治療緩解症狀，如消炎藥、止痛藥等，同時避免久坐，保持良好的生活習慣。
3. 尿道結石：結石在尿道內移動時，會刺激尿道黏膜，引起疼痛。較小的結石可通過多喝水、多運動自行排出，較大的結石可能需要手術治療。
4. 包皮龜頭炎：包皮過長或不注意個人衛生，容易引發包皮龜頭炎，導致陰莖疼痛。需保持局部清潔，如有必要，可使用外用藥物治療。
5. 陰莖外傷：如陰莖受到撞擊、擠壓等，會引起疼痛。輕微外傷可自行恢復，嚴重外傷需及時就醫處理。
在日常生活中，要注意個人衛生，保持陰莖清潔乾燥，避免過度性生活和手淫，多喝水，勤排尿。如果出現小便時陰莖疼痛的症狀，應及時就醫，以便明確診斷並進行相應的治療。
