小檗鹼即鹽酸小檗鹼，是一種較重要的生物鹼，與黃連素是同一物質的兩種不同名稱，二者沒有區別。
鹽酸小檗鹼屬於腸道抗感染藥、全身用抗菌藥的範疇，對細菌有微弱的抑菌作用，能夠對抗痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌等多種病原微生物，常用於腸道感染如胃腸炎等，能起到減輕腹痛、腹瀉等不適症狀的作用。需要注意的是，該藥可能會引起溶血性貧血，所以患蠶豆病的人群禁用。另外，妊娠前3月的孕婦應慎用，對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。如服用過量或出現嚴重不良反應，應馬上前往醫院就醫治療。
鹽酸小檗鹼除了黃連素這一種商品名外，還有其他的出品廠家及不同的商品名。但只要化學名為鹽酸小檗鹼，都可以起到相同的抗感染及止瀉的作用。
