二妙散常與四妙丸、三妙散、當歸拈痛湯等藥鑒別。
1. 四妙丸：四妙丸由蒼術、黃柏、牛膝、薏苡仁組成。與二妙散相比，四妙丸在二妙散清熱燥濕的基礎上，增加了牛膝補肝腎、強筋骨，薏苡仁滲濕除痹的功效，更側重於治療濕熱下注所致的痿痹等病症，如下肢痿軟無力、足膝紅腫疼痛等。
2. 三妙散：三妙散由蒼術、黃柏、牛膝組成。其與二妙散的區別在於少了一味藥。三妙散重在清熱燥濕，主要用於濕熱下注之足膝紅腫熱痛等症，而二妙散的清熱燥濕作用相對更廣泛一些。
3. 當歸拈痛湯：當歸拈痛湯由羌活、防風、升麻、葛根等多種藥物組成。該方除具有清熱利濕的作用外，還能祛風勝濕、活血止痛，多用於治療濕熱相搏所致的遍身肢節煩痛或肩背沈重或腳氣腫痛等症，與二妙散的主治病症有所不同。
注意事項：在鑒別和使用這些藥物時，應根據患者的具體症狀、體質及病情等因素綜合考慮，由專業醫生進行準確的辨證論治，不可自行隨意用藥，以免因用藥不當而加重病情或產生不良反應。需嚴格遵循醫囑，確保用藥的安全和有效性。
